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朗繆爾則在公開發表的文章中，以及在私下的場合，捍衛林奇的觀點。他與林奇合作論文，帶她和哈克參加會議——從鮑林本人的學生那裡獲得支援具有特別的意義——並勸說莫斯基，變性過程可能以接近環醇理論預言的步驟進行。在朗繆爾的幫助下，環醇理論起死回生了。

對於一種他相信是錯誤的理論給予如此多的關注，這令鮑林感到非常困惑和生氣。這不僅偏離了對蛋白質真正問題的探索，而且是對鮑林氫鍵理論的攻擊，對他作為蛋白質權威學者聲譽的詆譭，對他自然觀的挑戰。他覺得是堅決給予還擊並使之壽終正寢的時候了。

1939年初春，鮑林和尼曼合作了一篇論文，逐點對環醇結構的主要論據進行考證和反駁。他們用了好幾個星期完成了這篇題為“蛋白質結構”的論文，發表在7月份的《美國化學學會學報》上。在鮑林對不同理論的攻擊中，這篇論文的措辭是最激烈的。他們運用的主要武器是化學，特別是鍵能資料。鮑林認為這些資料清楚地表明環醇結構沒有多肽鏈穩定，因而存在的可能性很小。單純從能量角度出發，鮑林和尼曼寫道：“我們經過嚴密的論證得出的結論是，環醇不可能是蛋白質的主要結構，即便存在這一結構（這種可能性不大，因為與多肽鏈相比，其能量處於劣勢），在氨基酸殘餘物中具有這一結構的比例也不會超過百分之三。”（原文用不同字型強調了這一結論。）在討論了他們認為林奇和朗繆爾在其他方面的主要矛盾和錯誤之後，鮑林和尼曼就蛋白質結構提出了他們自己的思想。與三年前莫斯基和鮑林發表關於蛋白質變性的論文相比，並沒有太多新的內容：蛋白質是一條多肽鏈，由一些已知的環節聯結成一定的形狀，氫鍵、硫一疏鍵以及“類似的原了間的相互作用”夾雜在一起。一定的形狀到底是怎樣的，沒有人知曉。唯一肯定能夠排除的似乎就是環醇結構。

“蛋白質結構”一文具有毀滅性和立竿見影的效果。託德在讀後寫道：“我必須承認，讀到鮑林和尼曼‘揭穿林奇真面目’的文章之後十分欣喜！是到了對環醇理論下定論的時候了，我相信至少這兒的所有化學家都會歡迎這一舉動。就我看來，這一結論是無可辯駁的，我對林奇是否會作出某種反應懷有相當的興趣。”

頗具諷刺意義的是，在鮑林和尼曼提交這篇論文前的幾個星期，林奇決定放棄蛋白質的研究。由於伯納爾和劍橋大學研究組的敵意所造成的傷害，她在1939年春天逃離英國，來到美國。她對韋弗說，她在胰島素研究中得到的資料不夠成熟，因而放棄了進一步的工作。鮑林和尼曼的論文發表的時機再糟糕不過了。林奇正在給自己謀求一個教職，給女兒尋找一個住所；為了保住自己的顏面以獲得一份差事，她不得不奮起還擊。她衝進《美國化學學會學報》編輯阿瑟·蘭姆在哈佛的辦公室，要求發表自己的反駁意見。蘭姆解釋說，他可以發表任何對事實的修正或是相關研究的新進展，然而刊物將不考慮發表陳詞濫調。幾個星期後，林奇送上了一篇長達21頁的應戰文章，一點一點地反駁了鮑林和尼曼的觀點，最後的結論是：“對環醇假設持反對意見的人將論據建立在（由邏輯錯誤造成的）似是而非的事實基礎上，他們的實驗也是風馬牛不相及的……或者是無足輕重的。”按照一般的程式，蘭姆將林奇的手稿送給鮑林和尼曼，並要求他們對此作出評論，以供評閱的人參考。

鮑林和厄曼又逐段逐段地反駁了林奇的觀點，言辭更為激烈：“……怎麼也不能容忍這一幽靈在有機化學的文獻中繼續遊蕩，”“毫無理由讓這一臆想老調重彈，”“我們看見的只是更多的希望，而不是事實。”蘭姆將這些硝煙瀰漫的文章送交兩個仲裁人，然而他們的結論卻大相徑庭，蘭姆只得把全部文章再送交給另外兩個仲裁人。每一位讀過這些文章的人都被論辯雙方的尖刻措辭嚇壞了；每個人的解決方案都各不相同。蘭姆和一位仲裁人認為，在雙方對最後一稿審閱之後，同時發表林奇的文章及鮑林和尼曼的回覆；另一位仲裁人建議馬上單獨發表林奇的文章，然後結束這場論戰；還有一位把這場論戰比作是世界大戰開戰的訊號彈，建議延緩這一過程以“給雙方一個冷靜下來的機會”。

接著，林奇發現鮑林和尼曼在對蛋白質形成所需能量的計算中有誤差；糾正這一誤差可以把鏈狀結構和環醇結構之間的能量差異減少約三分之一。她在給鮑林的一封信中指出了這一點，然而鮑林回答說，這一變化微不足道，不會影響他們的結論，因此“我們認為不值得以書面形式改正這一

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