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在同行中威信的下降，當然不是令人愉快的事，但是鮑林並不在乎這一點。他不但沒有降低一點自己的調門，相反，他又幫助發起了另一場訴訟，同時控告蘇聯政府和美國政府繼續進行核試驗。他還開始籌建一個協調世界和平運動的組織，其中包括共產黨內外兩方面的活動人士。他顯示了向公眾輿論低頭的姿態，注意到在激烈的程度上，對蘇聯的批評至少不亞於對美國的批評。

但是，他所作的努力似乎都沒有成效。1962年底，美國再次在大氣層裡進行了試驗；根據鮑林的計算，在一年裡，放射性汙染的程度會增加一倍；肯尼迪在古巴導彈危機中執行的邊緣政策曾經冒過核戰爭的風險；鮑林最近對國防部提出的控告被法庭駁回；他還和另外一些和平運動的人士發生過齦齲；他要求賠償的幾個案子都沒有結果；他為和平與結束核試驗所做的工作受到某些人的排斥、忽視甚至是嘲弄。

這一切，毛病究底出在什麼地方呢？

分子鐘

鮑林對放射性的遺傳學影響進行了研究，使他對遺傳變異現象產生了濃厚的興趣。特勒聲稱，產生一點額外的變異，也許對進化是有益的，這就更讓他看到了這個問題的重要性。大多數變異現象當然是有害的——這是他反對核試驗和放射性塵埃的出發點——但是，生命體在長時間裡發生變化以適應周圍的環境，變異現象的確是墊腳石。具有消極作用的變異，積累起來怎麼就形成了具有積極意義的進化呢？鮑林思考著這一個問題。許多低階生命形式，如細菌，能靠簡單的食物來維持生命，能用明膠那樣最簡單的食物源合成它們所需的一切。但是，人體卻喪失了製造體內所需一切營養成分的能力，人需要有一種平衡的食譜來提供各種各樣的維生素和氨基酸，這些成分是身體無法合成的。不知是什麼原因，在人類進化的軌道上，發生了變異，合成有關物質所需要的酶也發生了變化。要是人類沒有別的途徑獲得這類必需的營養，人就有死亡的危險。但只要在其他食物中能找到這些營養成分，那就沒有什麼關係了。

發生這一種情況也有其積極的一面。由於不再需要合成某些物質，節約下來的能量就可以用於其他新陳代謝的活動，這樣，就有可能出現比較複雜的生命體。粗看起來像是一種“代謝性疾病”——失去了製造維生素的能力——但最後結果卻是發生了具有積極意義的進化。

於是，進化可以看作為一種分子學過程。鮑林安排來自法國的博士後研究者埃米·祖凱康德爾對這一問題展開實際的研究。受試分子取自鮑林原先喜歡採用的血紅蛋白。祖凱康德爾前往聖地亞哥，先是從大猩猩、黑猩猩和獼猴身上，後來又從馬、牛、貓、豬和魚身上，採集血標本。之所以這樣做，其思路倒不在於識別物種是怎樣進化的，而在於比較不同動物血紅蛋白分子的大小和結構，從而找出其進化的規律。

1962年，鮑林和祖凱康德爾發表了他們從這一研究中得到的最為引人注目的發現，就是血紅蛋白可以用作為一種生物鐘。舉例來說，透過對馬的血紅蛋白所作的詳細研究，表明它與人體血紅蛋白的差別是在其四根鏈的每一鏈上，大約有18個氨基酸替代物。將這一結果與古生物學家的知識相比較，就可以知道人類和馬綱動物大概是何時開始分野的，從中還可以算出，平均每隔14。5百萬年就會發生一次進化上有效的差異。以此為標準，比較其他動物血紅蛋白的資料，鮑林和祖凱康德爾估計，人和大猩猩——兩者的血紅蛋白很相似——是在11百萬年以前分手的，這要比大多數學者原先設想的分手時間晚了幾百萬年。當然，鮑林也承認，重大的變異不一定是以穩定的速度發生的，很可能有成批變異現象發生的情況，但他得出結論認為，“透過具體測定血紅蛋白分子和其他分子中氨基酸排列的順序，有可能獲得有關進化過程的更多資訊，從而有助於揭示物種的起源。”

鮑林和祖凱康德爾關於分子進化的基本思想，還有他們利用生物分子來研究歷史程序的做法——這些內容現已變成自成一體的研究分支，不過，現在選用分子的時候，已用DNA代替了血紅蛋白——具有開創性意義。正如鮑林從前的學生、核酸專家裡奇所說，“他一下子將古生物學、進化生物學和分子生物學等領域統一起來了。”

在一段較短的時間內，鮑林還曾被推到優生學爭議的前沿。由於他和祖凱康德爾提出了分子進化的概念，而鮑林研究如鐮狀細胞貧血症那樣的遺傳性疾病已

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